Kayqubad là con thứ hai của Sultan Kaykhusraw I. Khi còn trẻ, ông được phụ vương phong chức malik và được phong làm thống đốc Tokat, một thành phố lớn nằm ở trung tâm xứ Tiểu Á. Khi nhà vua chết sau trận Alaşehir năm 1211,[1] chiến tranh giành vương vị nổ ra giữa Kayqubad và anh trai là Kaykaus. Ban đầu, Kayqubad nhận được sự giúp đỡ từ các nước láng giềng: Leo I, vua xứ Cilician Armenia và Tughrilshah, chú của 2 anh em và kẻ thống trị độc lập của xứ Erzurum. Phần lớn các êmia, với tư cách là những lãnh chúa có thế lực trong vương quốc, ủng hộ Kaykaus. Kayqubad buộc phải bỏ chạy đến pháo đài ở Ankara, nơi ông cầu cứu các bộ lạc Turkman của Kastamonu. Ít lâu sau, ông bị Kaykaus bắt và giam trong một pháo đài ở miền tây Tiểu Á.[2]